ปุ๋ยอินทรีย์ เป็นปุ๋ยที่ได้จากสารอินทรีย์หรือว่าวัสดุอินทรีย์ที่ทำขึ้นโดยขบวนการต่างๆ อาทิ การบด การสับ การร่อน การหมัก การสกัด หรือด้วยแนวทางอื่นๆ ซึ่งจำเป็นต้องผ่านกระบวนการเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพด้วยย่อยสลายของจุลินทรีย์ก่อนที่จะนำไปใช้ต่อพืชพันธุ์ต่อไป ปุ๋ยอินทรีย์ มีความสำคัญต่อการซ่อมแซมพื้นดิน และให้แร่อาหารแก่พืชพันธุ์ เนื่องจากประกอบด้วยอินทรียวัตถุ พร้อมทั้งแร่ต่างๆที่จะทำให้ดินมีสภาพดีขึ้น พร้อมกับช่วยให้พืชพันธุ์เจริญเติบโตได้อย่างเหมาะสม ไม่ว่าจะเป็น ฟอสฟอรัส โพแทสเซียม พร้อมด้วยแร่ธาตุอาหารอื่นๆ คุณสมบัติที่ดีอย่างหนึ่งในปุ๋ยอินทรีย์ช่วยให้ความเป็นกรดเป็นด่างของที่ดินมีความเหมาะสมต่อการเจริญเติบโตของพืชพันธุ์เพิ่มมากขึ้น รวมทั้งช่วยในการดูดยึดธาตุอาหารไว้ในดินได้มากขึ้น จึงทำให้ได้พืชผลที่ดีขึ้นในระยะยาว พร้อมด้วยเสริมความสามารถในการย่อยสลายอินทรีย์วัตถุในดินให้ดีขึ้นจากปริมาณจุลินทรีย์ในดินที่มากขึ้น ปุ๋ยอินทรีย์ ก็มีหลายชนิด ปุ๋ยหมัก คือปุ๋ยที่ได้จากการหมักซากพืช ซากสิงสาราสัตว์ รวมทั้งมูลสัตว์ ปุ๋ยพืชสด คือปุ๋ยที่ได้จากต้นพืชในแปลงไร่นาที่ปลูกให้เจริญงอกงามจนกระทั่งระยะที่เหมาะสมในการไถกลบลงดินขณะที่ต้นไม้ยังยืนต้นอยู่ เพื่อเพิ่มพูนอินทรียวัตถุหรือธาตุอาหารให้แก่ดินจาการเน่าเปื้อย และย่อยสลายหลังการไถกลบ และเป็นการเพิ่มปริมาณธาตุอาหาร และเชื้อจุลินทรีย์ให้แก่ดินโดยตรง ปุ๋ยคอก คือปุ๋ยที่ได้จากมูลของสัตว์ ไม่ว่าจะทั้งในรูปของเหลว และของแข็งที่สิงสาราสัตว์ถ่ายออกมารวมถึงน้ำล้างคอก เศษฟาง และวัสดุรองคอกที่รวมกันกับมูลสัตว์ ปุ๋ยชนิดนี้ ไม่จำเป็นต้องเตรียมให้มีขนาดเล็ก เนื่องมาจากถูกย่อยจากตัวสัตว์มาแล้ว ถือเป็นปุ๋ยฮิวมัสที่ประกอบด้วยอินทรีย์สาร และจุลินทรีย์ที่มีคุณค่ามากมาย ทั้งนี้จะมีมากหรือน้อยจะขึ้นอยู่กับประเภทของสัตว์ พร้อมด้วยอาหารที่สัตว์กิน ปุ๋ยคอกที่นิยมนำมาใช้มากในปัจจุบันนี้